Las aves más dominantes que se encuentran en el distrito de San Juan pertenecen a los órdenes de las passeriformes, tinamiforme y apodiformes. En el primero, con un 69.2% se encuentra el zorzal (Turdus chiguanco); en el segundo, con un 61.5%, el perdiz (Nothoprocta pentlandii) y; finalmente, el  águila (Geranoaetus melanoleucus) con un 57.6%.

Otras aves, en menor cantidad respecto a las anteriores,  conocidas por los habitantes están conformadas el búho o tuco (Buho virginianus) de la orden strigiformes;  la paloma (Zenaida auriculata)  de la orden columbiformes; el gorrión o indio pishgo (Zonotrichia capensis) del orden de la passeriformes; la China Linda (Phalcobaenus megalopterus), el cóndor (Vultur griphus), el halcón (Falco peregrinus), el cernícalo (Falco sparverius) y gallinazo o shingo (Cathartes aura), todos ellos de la orden falconiformes.

Respecto a la cantidad de aves que alberga en el distrito, los pobladores reportaron la disminución de la mayoría de las especies. Las causas principales a las que se les atribuye son la caza excesiva, tanto para alimentarse como por los daños que causan estos en sus cultivos; la pérdida de sus hábitats como consecuencia de la quema de los bosques, la contaminación y el cambio en las condiciones climáticas.