El distrito de San Juan, según la percepción de sus pobladores, cuenta con una gran diversidad de mamíferos.

El zorro (Lycalopex culpaeus)  es la especie más dominante y se encuentra en el 84.6 % de los caseríos encuestados. En segundo lugar, con 69.2%, se encuentra el conejo silvestre (Sylvilagus brasiliensis). Estas se encuentran en los caseríos localizados en las parte media y alta del río Choten y Huacrarucro. Los pobladores señalan que los zorros se encuentran, en su mayoría, en las partes altas porque allí es donde pastan los ganados, los cuales les sirven de sustento. Y en tercer lugar, con un 57.6% se encuentran los venados (Odocoileus virginianus)

Entre las especies menos dominantes se encuentran la ardilla, la vizcacha (Lagidium peruanum inca), la muca (Didelphys marsupialis), el cuy de monte (Cavia tschudii atahualpae) y el gato montés (Linchailurus pajeros). Estos se encuentran distribuidos en los diferentes caseríos del distrito.
 
Respeto la cantidad de individuos de estas especies, los pobladores señalan que éstos han decrecido;  siendo los  zorros, los zorrillos y los venados los que más han disminuido. La razón es la deforestación lo que ha llevado la pérdida de su hábitat.