Entre los reptiles que la población de San Juan percibe, se encuentran la rana (Phrynopus sp.), el sapo (Atelopus sp.), la lagartija (Microlophus trigris), el saltojo, la guatopilla, la boa, la culebra (Tachynemis sp.) y la serpiente. De todas ellas la más dominantes son la lagartija, la culebra y el sapo, cada una de ellas con el 80.7%, 76.9% y el 73% respectivamente. La mayoría de los caseríos en los que se encuentran estas especies, se localizan al oeste del distrito, en las zonas cercanas a los valles de los ríos y sus tributarios.

Entre las especies menos dominantes se encuentran la boa, la serpiente, la rana y el guatopillo, cada uno con el 15.3%,13% y 7.6% (tanto para la rana como para el guatopillo) respectivamente. 

Los habitantes  indican que la población de la mayoría de los reptiles ha disminuido, poniendo énfasis en las culebras y los sapos. Las causas principales a las que se les atribuyen son la falta de lluvia, la destrucción de sus hábitats (bosques) debido a la expansión agrícola, la contaminación de las aguas por derrame de mercurio o simplemente los matan ya que la presencia de muchos de ellos es concebida como animales de mal augurio.