La principal enfermedad que se presenta en el ganado vacuno en el distrito de Andabamba es la fiebre aftosa. Lamentablemente si esta enfermedad no es combatida a tiempo, en pocos días puede acabar con todo el ganado en la zona afectada. En segundo lugar de ocurrencia está Alicuya, enfermedad producida por un parásito existente en zonas inundables. Las diarreas se puden originar por una mala alimentación del ganado o la mala calidad del agua de la que se abastecen, además de la existencia de virus o parásitos.

Para el caso de Andabamba, el 66.4% de las enfermedades son fiebre aftosa, seguida por un 16% de casos de Alicuya y 16% de casos de diarrea.

La asistencia médica para el caso de las enfermedades llega por SENASA en algunos casos, mientras que otros ganaderos optan por obtener la medicina personalmente o en todo caso, recurren a remedios naturales.