Entre los reptiles que la población percibe en Matara, se encuentran la lagartija (Microlophus trigris), la culebra (Tachynemis sp.) y el saltojo (Phyllodactylus sentosus). No obstante, las dos primeras especies se encuentran en el 88.9% de los caseríos, ellas están en disminución. Por otro lado, el saltojo es una especie que se presenta en la parte norte y central del distrito, y los habitantes no consideran que su número haya mermado.
Los anfibios más comunes están conformados por la rana (Phrynopus sp.) y el sapo (Atelopus sp.), las cuales se ubican en lugares cercanos a ríos y quebradas. El más común es el sapo, presente en el norte y centro; mientras que la rana solamente en Casaloma y Chim Chim, al norte.
En Chim Chim, Matara, San Juan y Churgap que son los más poblados del distrito, el sapo se reporta como disminuido. Esto es un indicador del deterioro de la calidad de agua y/o de la disminución de la cantidad de agua en esos lugares.

Los pobladores indican que las causas de esta disminución son la contaminación minera (50%), la caza (38%) y la habilitación de chacras (12%). Es importante mencionar que, si bien la actividad minera puede alterar la calidad y cantidad del agua en una cuenca hidrográfica, Matara se encuentra fuera del ámbito de influencia de esta actividad, que además no se desarrolla en los distritos vecinos.