En el distrito de Andabamba se encuentra una gran variedad de especies forestales como el aliso (Alnus jorulensis), cuya presencia representa en los  caseríos El Rejo, La Punta y Andabamba un 20%, 30% y 25% respectivamente. La madera es utilizada para la construcción de casas, la venta y otros.
 
En San José se encontraron también otras especies vegetales como el carrizo (Phragmites australis) con un 20% de presencia, utilizado para la construcción de casas. Otra especie es la guaba (Inga edulis), también con un 20%, el roble 20% (Quercus sp.), la tunga y el lúcumo (Pouteria lucuma) también con un 20% cada uno.
 
En el caserío La Punta y El Rejo, se ubicaron especies como el chirchir   (Weinmannia sp.)  y el roble (Quercus sp.) con un 33%, especies utilizadas para madera y construcción. Por otro lado existen también árboles frutales como el chirimoyo (Annona cherimola) y otros como el lanche (Myrcia sp.) en un 20%, mientras que el roble y el pajuro (Eritrina edulis) tienen 25%, la cucharilla (Oreocallis grandiflora) y el Lalush (Clusia flaviflora) tambien 25%.
 
Las especies vegetales en Andabamba están presentes y son utilizadas; tanto como fuente de energía, como fuente de ingresos económicos para los pobladores de los distintos caseríos. En el caso del Aliso por ejemplo, éste se reforesta en las zonas de donde es extraído. Es importante también mencionar la existencia y uso de plantas medicinales, véase mapa de plantas medicinales.