Los pesticidas son utilizados en todos los caseríos del distrito de Andabamba, con un nivel de toxicidad que va desde el ligero hasta el alto. Entre el uso de pesticidas de alta toxicidad, en los caseríos de El Rejo y San José se utiliza Paratión y Aldrin para los cultivos de papa, fréjol y maíz. Los agricultores no utilizan protección alguna en el momento de manipular estos pesticidas, lo que contribuye a la aparición de enfermedades y la degradación del medio ambiente, pues están compuestos de insumos químicos muy persistentes en el aire, agua y suelo.

Estos pesticidas además son poco solubles y se adhieren a los tejidos de las plantas, se acumulan en el suelo, fondos de agua y hasta en la misma atmósfera. Los pesticidas se distribuyen por todas partes, llegando incluso a contaminar áreas silvestres a gran distancia de las áreas agrícolas. Además, estos pesticidas al ser inhalados pueden producir paros respiratorios y cardiacos además de otros efectos nocivos para la salud. Cabe señalar que dichos pesticidas se encuentran prohibidos para la venta desde al año 1998, aunque se ha venido comercializando de manera ilegal, lo cual demuestra la falta del control en cuanto a la venta y supervisión por parte de las autoridades correspondientes.
 
Dentro de los demás pesticidas encontramos otros de media y baja toxicidad que también contribuyen a la degradación del medioambiente así como a la aparición de enfermedades humanas, como en los  casos del Monofos y del Ridomil que provocan irritación en las vías respiratorias. Su uso encuentra  localizado en el caserío de San Lorenzo donde se utiliza contra la Rancha (Phytophthora infestans). También se ha ubicado el uso de Antracol y Mancosil en el caserío la Punta. Así como el Mancosil y el Manzate en La Samana, ambos para tratar a la Rancha; y los Rancha Pack y Monofos en el caserío de Andabamba.

En el siguiente cuadro y mapa se puede apreciar que el caserío donde se utilizan más pesticidas es San José, seguido de El Rejo y San Lorenzo; en un último grupo tenemos a La Samana, La Punta y Andabamba.