Las enfermedades endémicas son aquellas enfermedades infecciosas que afectan de forma permanente o en determinados períodos a una región. Las enfermedades endémicas que los pobladores conocen, y que afirman que han afectado a algunos en sus respectivos caseríos, están conformadas por la malaria o paludismo y por la bartonela.

La primera afecta a 14 caseríos que se encuentran debajo de los 2500 m.s.n.m. a excepción de 5: Agua Santa, Asafrán, Bella Aurora, Miraflores y Mitopampa. Es importante mencionar que esta enfermedad es tropical es extraño encontrarla sobre la altitud mencionada, por lo que puede ser que los pobladores la confundan con otra. Por otro lado, la segunda fue percibida en 11 caseríos.