San Juan cuenta con una gran variedad de especies forestales ya sean maderables, de construcción, medicinales y alimenticias. Estas se encuentran, principalmente, al norte y sur del distrito.

De todas, la más dominante es el eucalipto (Eucalyptus globulus). Esta se encuentra en el 61.5% de los caseríos encuestados. Su tronco y sus ramas son, básicamente, utilizadas como combustible o leña; y sus hojas como macerados e infusiones para beber y bañarse y así combatir los problemas bronquiales.

Otras especies de menor importancia, en comparación a la anterior, son el nogal (Jugglens sp), el aliso (Alnus jorulensis) y el pino (Pinus sp) cuyos usos también son medicinales, ornamentales o para leña, respectivamente.

Finalmente, los pobladores señalaron que la mayoría de estas especies han disminuido debido a la tala excesiva ya sea para la obtención de leña o simplemente por los incendios que se realizan con el fin de  expandir la frontera agrícola. Asimismo enfatizan la necesidad de reforestar las laderas y zonas de cárcavas con el fin de subsanar y/o prevenir problemas ambientales de diversas índoles.