El distrito de San Juan, según la percepción de sus pobladores, cuenta con una gran diversidad de mamíferos.

El zorro (Lycalopex culpaeus)  es la especie más dominante y se encuentra en el 64.8 % de los caseríos. En segundo lugar, con 59.4%, se encuentra el conejo silvestre (Sylvilagus brasiliensis). Estos dominan en los caseríos de la parte del distrito. En tercer lugar se encuentran la vizcacha (Lagidium peruanum inca), con un 48.6%.

Entre las especies menos dominantes se encuentran la  rata (Rattus rattus), la muca o canshalú (Didelphys marsupialis), el cuy de monte (Cavia tschudii atahualpae), el puma y la comadreja. Los dos últimos sólo se encuentran en El triunfo y Aliso, respectivamente.

Respeto la cantidad de individuos de estas especies, los pobladores señalan que la mayoría de ellas han disminuido. Algunos, como los pobladores de Laguna Santa Úrsula, se atreven a decir que determinadas especies  han desaparecido, por ejemplo los venados. Las causas a las que se le atribuye estos cambios poblacionales son la caza indiscriminada, la falta de pastos y la competencia por alimentos.