El uso de pesticidas/fungicidas en el distrito de Llacanora es generalizado ya que los habitantes del 92.8% de caseríos afirman aplicarlos en sus cultivos.

Los pesticidas utilizados son alta o ligeramente tóxicos. No obstante el uso de los segundos es más común, el uso de los primeros es alarmante por varios motivos: son aplicados en 11 caseríos, tienen un impacto grave en la salud humana ya sea por el consumo de los propios cultivos o por la exposición directa a la sustancia y porque algunos de ellos se encuentran prohibidos desde hace varios años. Un ejemplo de ello es el Paratión o Parathión (sea etílico o metílico), usado actualmente en La Banda, Yanamarca e Iscoconga. Este plaguicida organofosforado se encuentra prohibido desde 1998  debido a los efectos nocivos que tiene.  Sin embargo, su comercialización ha seguido vigente, lo que indica un poco control por parte de las autoridades correspondientes.

El Tamarón y el Metasystox, ambos organososforados como el descrito anteriormente, se aplican en el 50% de caseríos y únicamente en Cochambul, respectivamente. Presentan los mismos efectos que el Paratión debido a la composición química sumándose trastornos psíquicos y paros respiratorios y cardíacos si son inhalados directamente.

Por otro lado, los ligeramente tóxicos, están conformados por el Antracol, Fitoraz, Polyram DF, Ridomil Gold MZ y Chandler Foliar. De ellos, el Ridomil es empleado por los habitantes del 64.2% de caseríos para controlar la rancha (Phytophthora infestans) de los cultivos de papa. Este fungicida irrita las vías respiratorias y tiene efectos negativos sobre organismos acuáticos .
El Polyram DF es aplicado en los cultivos de papa de El Tambo y Hacienda Sulluscocha. A pesar de su ligera toxicidad, puede causar desde irritación de las mucosas hasta problemas en el sistema nervioso bajo constante exposición.

La aplicación de estos productos químicos está ligada a las plagas o enfermedades que atacan los cultivos en cada uno de los caseríos.

La más importante para los habitantes del distrito es la rancha o también conocida como hielo o tizón tardío. Esta enfermedad es producida por el patógeno Phytophthora infestans y está registrada en los Andes desde antes de 1845.
La enfermedad se manifiesta en las hojas, tallo y en los tubérculos. En las primeras aparecen manchas de color verde oscuro, las cuales se desarrollan bajo condiciones de moderadas temperaturas y humedad. En los tallos, las manchas pueden alcanzar tamaños de 10 cm que lo vuelven frágil y finalmente en los tubérculos, las manchas adquieren un color marrón y generalmente permiten el ingreso de hongos que terminan por destruir la raíz. 
Es importante mencionar que los habitantes del distrito procuran no controlar las plagas o enfermedades con métodos naturales antes de la aplicación de insecticidas, lo que evidencia una falta de capacitación en este aspecto.